Ist es möglich, geben Sie Befehl Linie Parameter R-Skript in RStudio?

Will ich mit RStudio so Bearbeiten Sie ein R-Skript mit Kommandozeilen-Parameter, z.B.,

my_rscript --dataset mydataset

und dann Lesen die optiion-Wert in einen R-variable, sagen wir, dataset, z.B. mit optparse Bibliothek.

Allerdings konnte ich nicht finden, wo Gebiete line in RStudio, so dass ich verwenden könnte, "Quelle speichern" - Funktion. Stattdessen habe ich zu fest, alle Programm-Parameter in dem Programm selbst:

dataset <- "mydataset"

welche erfordert das ändern der Skript-text jedes mal, wenn ich brauche zu geben unterschiedliche Daten.

Weiß jemand, wie man eine Kommandozeile Informationen?

  • Ihre Frage schien nicht zu sein, speziell im Zusammenhang mit RStudio, sondern mehr allgemein zu R, so dass ich retagged es. Wenn dies ist nicht, was Sie bedeuten, dann sollten Sie Bearbeiten Ihre Frage.
InformationsquelleAutor Dmitry K. | 2013-02-20
  1. 7

    Ich weiß, diese Frage ist alt und der link ist alt, aber es beantwortet die Frage. Nein, es ist nicht möglich (oder nicht so Jan 29, 2012) Zugriff auf Kommandozeilen-Argumente aus RStudio.

    Link
    https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200659066-Accessing-command-line-options-in-RStudio?locale=en-us

    • Dies kann technisch korrekt, aber es ist natürlich möglich (und war schon immer möglich), um Argumente über system("rscript myscript.r -a -b -c") die man ausführen kann, von RStudio-Konsole - siehe Antwort von @biocyberman, ich denke, dass sollte die akzeptierte Antwort
    • Ja, das ist möglich, und das sollte nicht mehr sein, die akzeptierte Antwort. commandArgs dies tut.
    InformationsquelleAutor rrs
  2. 16

    Für jetzt mache ich es so:
    Öffnen Sie ein neues Fenster Bearbeiten neuer Rscript. Wenn ich will kann ich es speichern und benennen Sie Sie so etwas wie: test_myscript.R
    Dies ist der Inhalt test_myscript.R:

    debug(getopt) # suppose I want to debug 'getopt' function in 'myscript.R'
system("myscript.R -a -b -c")
# Debug process start after this. 
# Check ?browser for help about navigating inside browser
    InformationsquelleAutor biocyberman
  3. 5

    Rufen Sie Ihre Programme mit Rscript programname.r arg1 arg2 arg3. Die Argumente zu commandArgs, so wäre das folgende wahr:

    Rscript programname.r F N 32

> args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
> args[1]
[1] F
> args[2]
[1] N
> args[3]
[1] 32
    InformationsquelleAutor TARehman
  4. 1

    Dieser arbeitete für mich:
    Meine Rscript ist wie folgt:

    args <- commandArgs()
print(paste0("args:", args))
print(paste0("args[1]:",args[1]))
print(paste0("args[2]:",args[2]))
print(paste0("args[3]:",args[3]))
print(paste0("# of args:",length(args)))

    '

    Emulieren Sie den Befehl line-Eingang würde ich mit Rscript, ich trat dieser in RStudio:

    commandArgs <- function() c("AMZN", 10, 200)

    gab das gewünschte Ergebnis:

    [1] "args:AMZN" "args:10"   "args:200" 
[1] "args[1]:AMZN"
[1] "args[2]:10"
[1] "args[3]:200"
[1] "# of args:3"
    • Sie ändern ständig die Funktion commandArgs(). IMHO ist das eine schlechte Lösung.
    InformationsquelleAutor upatnite2
  5. 1

    Wenn Sie daran interessiert sind, das beispielsweise mit argparser und weiter zu entwickeln/analysieren interaktiv mit Rstudio, können Sie die folgenden work-around:

    1. Schreiben Sie Ihre Kommandozeilen-parser in my_rscript und erstellen Sie ein Objekt args enthält alle analysiert-Eingang.
    2. Eine Zeile hinzufügen, speichert args Objekt-Datei.
    3. Laufen my_rscript von der Befehlszeile aus, und geben Sie die Argumente von Interesse.
    4. Laden Sie die args - Objekt-aus Datei in Rstudio und weiterhin interaktiv

    Beispiel: 

    library("argparser")
parser <- arg_parser(description='Process commandline arguments')
parser <- add_argument(parser, arg="--dataset", type="character", help = "Dataset argument")
args = parse_args(parser)
args_file = "tempArgObjectFile.rds"
saveRDS(args, args_file); print(args); quit(); #comment this after creating args_file
args = readRDS(args_file)  #use this to load during interactive development
    InformationsquelleAutor knish
  6. 0

    Dies ist wirklich alt, aber ich stolperte über es, wenn Sie versuchen, das gleiche zu tun und ich habe am Schluss lediglich versuchen, das folgende, und ist nett und schnell, wenn die Leute wollen, es zu versuchen (wahrscheinlich nur nützlich für Befehle, die ein paar einfache args obwohl):

    Mein Rscript, die derzeit gestartet:

    args <- commandArgs(TRUE)
df <- read.csv(args[1], sep=",", check.names=FALSE, row.names = 1)
.
. # Do some analysis and plotting etc.
.

    Wenn ich wollte emulieren Sie den Befehl Linie, dass die Rscript sonst bekommen würde, können Sie die args Vektor-up 'manuell':

    args <- c("/path/to/my/inputfile.csv")

    dann args[1] nimmt den gleichen Wert an, den er immer haben würde. und ich einfach nur laufen, alles andere im script durch markieren und ausführen in RStudio.

    • Wie legen Sie args außerhalb des Skript in einer Weise, dass args <- commandArgs(TRUE) im script nicht überschrieben werden?
    • ehrlich gesagt können Sie nicht. Diese Antwort beantwortet nicht die Frage geschrieben, obwohl es kann nützlich sein, um Menschen, die finden die Frage in der Zukunft.
    • Ja, das war nicht beabsichtigt, dass Sie genau die original-OPs soll, aber ich habe festgestellt, dass es einen einfachen 'hack', die andere nützlich finden können später.
    InformationsquelleAutor Joe Healey
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