R-Paket reshape-Funktion, Schmelzen Fehler: id Variablen, die nicht in die Daten, wenn die Arbeit mit einer Vielzahl von Faktoren

Arbeite ich mit der rarefaction-Ausgabe von mothur, die im Grunde gibt mir einen Datensatz mit der Anzahl der Sequenzen der Stichprobe und der Anzahl einzigartiger Sequenzen in mehreren Proben. Ich möchte mit ggplot2 diese Daten visualisieren und müssen daher verwenden melt zu gehen von einem wide zu einem long - format.

Das problem ist, dass ich keinen Weg findet, um diese Arbeit zu machen aufgrund eines Fehlers der melt. Die im wesentlichen besagt

Fehler: id Variablen, die nicht in Daten: 1,3,6, (... und so weiter)

Wegen der Größe der original-Datensatz, es wäre impractcal zu teilen, um es hier dennoch sollte man in der Lage sein, zu reproduzieren, ist das gleiche problem mit dem folgenden code:

a<-seq(0,300,3)
b<-runif(length(a))
c<-runif(length(a))
d<-as.data.frame(cbind(a,b,c))
d$a<-as.factor(d$a)
melt(d,d$a)

Gibt genau den gleichen Fehler:

Fehler: id Variablen, die nicht in Daten: 0,3,6,9, (...)

Ich sehe nicht, was ich falsch mache. Ich bin mit R 2.15.1 auf ubuntu server 12.04. Sowohl die Funktion als reshape::melt und reshape2::melt Ergebnis in den gleichen Fehler.

InformationsquelleAutor FM Kerckhof | 2012-09-07

  1. 12

    Sollten Sie verwenden:

    melt(d, id.vars="a")
      a variable       value
1     0        b 0.019199459
2     3        b 0.693699677
3     6        b 0.937592641
4     9        b 0.299259963
5    12        b 0.485403439
...

    Aus der Hilfe von ?melt.data.frame:

    Daten

    Daten-frame zu Schmelzen

    id.vars

    Vektor der id-Variablen. Können Ganzzahlen (variable position) oder
    string (Variablenname)Wenn leer, werden alle nicht-gemessenen Variablen

    Damit Ihre id.vars - argument muss ein Charakter-Vektor, der die Namen, z.B. "a" oder ein numerischer Vektor, z.B. 1. Die Länge dieses Vektors sollte gleich der Anzahl der Spalten, die Sie wollen, wie Sie Ihre id.

    Stattdessen verwendet Sie eine Faktor, die weit mehr Elemente als Spalten in Ihren Daten.

    Ich danke Ihnen sehr für Ihre Antwort. Ich habe die Schmelzen-Funktion vor, aber klar übersehen, es in der Hilfe.
    Es ist eine ziemlich häufige kognitive Fehler. Sie benötigt, um geben Sie die "name" - Spalte, wie das zweite argument zu Schmelzen, statt die Werte in dieser Spalte das ist, was d$a gibt. In diesem Fall könnten Sie verwendet haben, nur die Nummer 1.

    InformationsquelleAutor Andrie

Schreibe einen Kommentar