Tag: bioinformatics

Arbeite ich an einem python-Projekt, wo ich studiere, RNA-Struktur, die die evolution (als Zeichenfolge dargestellt, beispielsweise: "(((...)))" wo die Klammer darstellen Basenpaare). Der springende Punkt dabei ist, dass ich eine ideale Struktur und einer Bevölkerung, die sich

Ich habe keine Ahnung, was das problem sein könnte hier: Ich habe einige Module von Biopython, die ich importieren kann leicht bei Verwendung der interaktiven Eingabeaufforderung oder ausführen von python-Skripts über die Befehlszeile. Das problem ist, wenn

Ich habe mehrere SNP - IDs (D. H., rs16828074, rs17232800, etc...), möchte ich die Koordinaten in einer Hg19 Genom von UCSC-Genom-website. Ich würde lieber mit R um dieses Ziel zu erreichen. Wie macht man das? Können Sie

Was ist die beste Wahl des Betriebssystems für Bioinformatik arbeiten? Sind die meisten tools für 64-bit-Windows, für Linux/Unix im Allgemeinen, oder OS X? vielleicht ist diese Frage zu community-wiki? Nicht angezeigt werden Programmierung verwandt. Sie möchten möglicherweise

Ich habe Fehler mit dem normalen t-test: data <- read.table("/Users/vdas/Documents/RNA-Seq_Smaples_Udine_08032013/GBM_29052013/UD_RP_25072013/filteredFPKM_matrix.txt",sep="",header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE) PGT <- cbind(data[,2],data[,7],data[,24]) PDGT <- cbind(data[,6],data[,8]) pval2 <- NULL for(i in 1:length(PGT[,1])){ pval2 <- c(pval2,t.test(as.numeric(PDGT[i,]),as.numeric(PGT[i,]))$p.value) print(i) } Fehler: Error in t.test.default(as.numeric(PDGT[i, ]), as.numeric(PGT[i, ])) : not enough

Ich bin zeichnen einer heatmap und ich möchte nicht die Zeilen-und Spaltennamen sichtbar auf x-und y-Achsen. So habe ich den folgenden code: heatmap.2(data, xlab="PROTEINS", ylab="DRUGS", labRow=FALSE, labCol = FALSE) Dann gibt es einen großen Raum zwischen heatmap

(Ich habe versucht, diese Frage auf BioStars, aber für die geringe chance, dass jemand von text mining würde denken, es ist eine bessere Lösung, ich bin auch bei der Umbuchung diese hier) Die Aufgabe, die ich versuche

Ich habe einen Daten.Rahmen mit Ensembl-IDs in einer Spalte; ich möchte finden Sie die entsprechenden gen-Symbole für die Werte der Spalte, und fügen Sie eine neue Spalte in meine-Daten-frame. Ich bioMaRt verwendet, aber Es konnte keine von

Angenommen ich habe eine DNA-Sequenz. Ich möchte das ergänzen. Ich verwendete den folgenden code, aber ich bin nicht immer es. Was mache ich falsch ? s=readline() ATCTCGGCGCGCATCGCGTACGCTACTAGC p=unlist(strsplit(s,"")) h=rep("N",nchar(s)) unlist(lapply(p,function(d){ for b in (1:nchar(s)) { if (p[b]=="A")

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Arbeite ich mit unix-shell-Skript, das tut Genom-Konstruktion erstellt dann eine Phylogenie. Je nach Genom assembler verwenden Sie die endgültige Ausgabe (Phylogenie) ändern können. Ich wünschte, zu vergleichen, die Auswirkungen der Verwendung verschiedener genome Assembler. Ich entwickelte einige

Ich versuche, erstellen Sie eine Funktion in R, die mir erlauben, meine filter-Daten basierend auf, ob eine Zeile enthält eine einzelne Spalte mit einer null in es. Darüber hinaus einige Zeiten, ich will nur entfernen Sie die

Habe ich eine Liste von protein-Namen(P1,P2,...,Pn) und Sie werden kategorisiert to drei unterschiedliche expression Hoch(H), Mittel(M) und Low(L), gemessen in drei experimentellen Bedingungen (BSP1,Bsp2, und Exp3). Möchte ich, um ein Grundstück zu machen, wie gezeigt, im unteren

Ich habe eine DNA-Sequenz erhalten und möchte das reverse Komplement der es mit Python. Es ist in einer der Spalten einer CSV-Datei und ich würde gerne schreiben das reverse Komplement zu einer anderen Spalte in der gleichen

Ich habe zwei Daten.frames mit jeweils drei Spalten: chrom, start & stop, nennen wir Sie rangesA und rangesB. Für jede Zeile der rangesA, ich bin auf der Suche zu finden, die (wenn überhaupt) Zeile in rangesB voll

Arbeite ich mit der NCBI-Referenz-Sequenz accession-Nummern wie variable a: a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2") Abrufen von Informationen aus der biomart-Paket brauche ich, um die zu entfernen .1.2 etc. nach dem Beitritt zahlen. Ich in der Regel tun dies

Ich bin auf der Suche nach Größe des Speichers in bytes (MB, GB, TB, was auch immer) benötigt zur Speicherung eines einzelnen menschlichen DNA. Ich Las ein paar Artikel auf Wikipedia über DNA, Chromosomen, Base-Paare, Gene und

Ich habe eine Frage zum extrahieren einen Teil einer Zeichenkette. Ich habe z.B. einen string wie diesen: a <- "DP=26;AN=2;DB=1;AC=1;MQ=56;MZ=0;ST=5:10,7:2;CQ=SYNONYMOUS_CODING;GN=NOC2L;PA=1^1:0.720&2^1:0" Brauch ich zu extrahieren alles, was zwischen GN= und ;.Also hier wird es NOC2L. Ist das möglich?