Tag: igraph

Ich versuche, eine Teilmenge igraph graph durch eine Kante Merkmale (wie seine Bezeichnung). In den reproduzierbares Beispiel habe ich schamlos geklaut aus einem anderen Beitrag mit einer kleinen änderung, ich möchte in der Lage sein zu trennen,

Geschlossen. Diese Frage muss details oder Klarheit. Es ist derzeit nicht akzeptieren Antworten. verbessern Wollen dieser Frage? details Hinzufügen und klären Sie das problem, indem Sie Bearbeiten diesem post. Geschlossen 5 Jahren. Brauche ich etwas Hilfe erste

Ich habe ein Nähe-matrix gespeichert, die als pandas.DataFrame: node_names = ['A', 'B', 'C'] a = pd.DataFrame([[1,2,3],[3,1,1],[4,0,2]], index=node_names, columns=node_names) a_numpy = a.as_matrix() Ich möchte eine igraph.Graph entweder aus der pandas oder die numpy Nähe Matrizen. In einer idealen

Brauche ich zum zeichnen ein Netzwerk aus einer Korrelationsmatrix. Eine kleine Teilmenge der meine Daten: Taxon CD1 CD2 Actinomycetaceae;g__Actinomyces 0.072998825 0.031399459 Coriobacteriaceae;g__Atopobium 0.040946468 0.002703265 Corynebacteriaceae;g__Corynebacterium 0.002517201 0.006446247 Micrococcaceae;g__Rothia 0.001174694 0.002703265 Porphyromonadaceae;g__Porphyromonas 0.023326061 0.114368892 Prevotellaceae;g__Prevotella 0.252894781 0.102308172 Flavobacteriaceae;g__Capnocytophaga

Betrachten Sie ein dataframe df wo die ersten beiden Spalten sind die Knoten paarweise und aufeinander folgenden Spalten V1, V2, ..., Vn darstellen, fließt zwischen den Knoten (möglicherweise 0, was bedeutet, kein Rand bei Spalte Netzwerk). Ich

Benutze ich python Bindung zu igraph zu vertreten, ein gerichteter Baum. Ich möchte finden, dass alle möglichen Pfade von einem Knoten in diesem Graphen zu einem anderen. Leider konnte ich nicht finden, eine fertige Funktion in igraph

First off, ich bin nicht sehr versiert im Umgang mit R, aber ich habe ein Netzwerk mit 100 Knoten mache ich die Analyse auf. Ich bin auf der Suche, um herauszufinden, alle kürzesten Wege zwischen jedem einzelnen

Habe ich eine Grafik, die ich produziert habe mit igraph. Ich möchte, verteilt die Knoten. Die einzige Möglichkeit die ich gefunden habe, so weit zu tun, dieser skaliert das layout und die Kraft der plot-Befehl nicht skalieren.

Ich benötigen einen Teilgraphen von der seed-Knoten (input-Liste von Knoten; file.txt) und Ihre erste interaktoren (Nachbarn) von einem graph (g) mit igraph. Ich bin leider am Ende mit nur einem einzigen Knoten im Teilgraphen, und nicht alle

Habe ich die folgenden Netzwerk-Diagramm: set.seed(1410) df<-data.frame( "site.x"=c(rep("a",4),rep("b",4),rep("c",4),rep("d",4)), "site.y"=c(rep(c("e","f","g","h"),4)), "bond.strength"=sample(1:100,16, replace=TRUE)) library(igraph) df<-graph.data.frame(df) V(df)$names <- c("a","b","c","d","e","f","g","h") layOUT<-data.frame(x=c(rep(1,4),rep(2,4)),y=c(4:1,4:1)) E(df)[ bond.strength < 101 ]$color <- "red" E(df)[ bond.strength < 67 ]$color <- "yellow" E(df)[ bond.strength < 34 ]$color <-

Ich habe eine edgelist für eine zwei-Modus-Netzwerk, ähnlich wie dieses: person Event Amy football_game Sam picnic Bob art_show Ich möchte, um eine Analyse durchzuführen, die auf das in R, aber scheinbar alles was ich versuche schlägt fehl.

Ich studiere zur Erkennung der Gemeinschaften in Netzwerken. Ich verwende igraph und Python Für die optimale Anzahl von Gemeinden in Bezug auf die Modularität Messen: from igraph import * karate = Nexus.get("karate") cl = karate.community_fastgreedy() cl.as_clustering().membership Zur

Installierte ich die python-igraph 0.5.4 und igraph 0.5.4 (auch getestet 0.6) von der Quelle auf einem RHEL-Maschine. Alles ist gut, außer wenn ich versuche zu Plotten, die ich bekomme. "TypeError: Plotten nicht verfügbar" Gab es keine Fehler

Ich bin mit networkx arbeiten mit Graphen. Ich habe ziemlich große Graphen (es ist in der Nähe von 200 Knoten), und ich versuche zu finden, alle möglichen Pfade zwischen zwei Knoten. Aber, so wie ich das verstehe,

Habe ich geändert, meinen Rechner zu einem Linux Mint x64-OS und ich habe throubles mit einem python-Bibliothek, Bibliothek igraph, wenn ich versuche, ausgeführt, und die alten Programme, die ich gemacht. DeprecationWarning: Zur Vermeidung eines namenskonflikts mit der

Mein generelles problem ist, dass ich Locker die vertex Namen /Bezeichnungen (nicht sicher über das richtige Wort hier) bei der Generierung eines Graphen mit iGraph. Habe ich eine Liste der Kanten IC_edge_sub von bipartites Netzwerk, dass wie

Ich versuche, erstellen von Diagrammen mithilfe von Baum-wie Daten, wobei Knoten in der Regel aufgeteilt in >2 Kanten. Ich habe verschiedene layouts, und ich sehe, dass sich das layout.reingold.tilford parameter generiert eine baumartige Graphen mit nicht-bifurcating Daten.

Habe ich eine Liste von über 100 igraph Objekte mit einem typischen Objekt mit etwa 700 vertices und 3500 Kanten. Ich würde gerne identifizieren Gruppen von Eckpunkten, innerhalb derer Beziehungen sind wahrscheinlicher. Mein plan ist es, dann

Ich versuche zu zeichnen, eine Netzwerk-Visualisierung ähnelt einem Flussdiagramm. Ich bin ziemlich nah mit dem folgenden code, aber ich habe ein paar Fragen: Ist dies das beste layout () - Algorithmus, oder kann ich das manuell zuweisen,